Siamo nel 1957, in piena Guerra Fredda. Indiana Jones e il suo assistente Mac sono appena scampati a un poco amichevole incontro con le spie sovietiche quando fanno ritorno al Marshall College, dove Jones ha la sua cattedra. Le notizie che trovano ad accoglierli non sono affatto buone: il governo americano sospetta infatti Jones di essere in combutta con i russi ed è intenzionato a farlo licenziare dall'università.